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À medida que o novo ano começou, novos alunos, incluindo Kuroko Shirai, começaram a entrar na Escola Secundária de Tokiwadai. Antes disso, houve uma série de incidentes na Cidade Acadêmica que usaram sua capacidade de atacar figuras importantes e empresas que tinham laços estreitos com a Escola Secundária de Tokiwadai. Todos os alunos da Escola Secundária de Tokiwadai foram questionados e Misaka Miyako e Shokuhou Misaki também foram colocados sob vigilância. Enquanto isso, Kuroko Shirai, que recolheu informações sobre o incidente como membro do comitê de disciplina, notou uma mensagem deixada no computador pessoal da filial de 177.