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Al entrar en el nuevo año escolar, Kuroko Shirai y otros estudiantes de primer año comenzaron a entrar en la Escuela Secundaria de Tokiwadai. Justo antes de eso, hubo una serie de incidentes en Gakuen Toshi en los que se utilizaron sus habilidades para apuntar a personas clave y empresas que estaban estrechamente relacionadas con la Escuela Secundaria de Tokiwadai. Todos los estudiantes de la Escuela Secundaria de Tokiwadai fueron puestos bajo sospecha, y Bikin Misaka y Shokuhou Misaki también fueron puestos bajo vigilancia. Mientras tanto, Kuroko Shirai, que está reuniendo información sobre el incidente como miembro del comité de moral pública, se dio cuenta de un mensaje dejado en el ordenador de la sucursal de 177.